哈尔滨医科大学附属第一医院始建于1949年，在哈尔滨卫戍医院原址上建立，最初命名为“哈尔滨医科大学附属医院”，1954年改名为“哈尔滨医科大学附属第一医院”。
医院传承中国现代医学先驱伍连德博士和中国工农红军卫校的红色基因、开放基因和创新基因，世界首创的应用亚砷酸治疗M3型白血病、世界首创的劈裂式脾移植治疗甲型血友病、世界首例同种异体全前臂移植和全国首例角膜移植手术诞生在这里，推动并见证着中国医学的进步。
医院是黑龙江省最大的医疗中心和平急结合救治中心，集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性临床医学院。设有南岗院区和群力院区两个院区，承担着副省级以上领导及重要外宾的保健、诊疗任务，医疗辐射周边国家和地区。1998年获全国“百佳医院”称号，2016年荣获“全国百姓放心示范百佳医院”称号。
医院专科设置齐全，54个临床科室，120个病区，开放床位4800张，年门诊量近320万人次。普外科是国家级重点（培育）学科，中西医结合科是国家区域中医诊疗中心培育单位，拥有19个国家临床重点专科建设项目，7个黑龙江省首批临床研究中心，24个省医疗质量控制中心，是国家卫健委“优质护理服务示范工程”活动重点联系医院。2019年度、2020年度、2021年度三级公立医院绩效考核连续位列A+。
现有员工5700余人，长江学者2人，百千万人才工程有突出贡献中青年专家1人，青年长江学者1人。2020年启动“优青”和“杰青”资助项目，培养了一批优秀的中青年医学人才。
医院现有临床医学、口腔医学、儿科学专业，设有26个教研室、5个教研组，医院承担五年制、“5+3”一体化、留学生、研究生、成人教育等临床教学任务，在院学生3000余人，年均接收进修医师500余人。临床医学及口腔医学为一级学科博士、硕士授予点，现有博士生导师147人、硕士生导师377人。获得国家级教学成果一等奖1项、二等奖3项，拥有4门国家级精品资源共享课、3门国家本科一流课程、1门国家级课程思政示范项目，是国家级临床技能实验教学示范中心和国家级虚拟仿真实验教学中心，是首批国家临床教学培训示范中心和国家住院医师规范化培训示范基地。
医院具有较强的科研实力，在中国医学科学院“中国医院科技影响力综合排行”中进入全国前五十名。教育部肝脾外科重点实验室、国家卫健委细胞移植重点实验室、国家卫健委干细胞临床研究机构、省心血管病生光电磁诊疗重点实验室、省血液与造血系统重点实验室、省眼科基础及临床转化研究重点实验室、省普通高校神经外科重点实验室等均设在医院。通过ISO医学实验室质量和能力评估认证，是全国首批“医疗机构抗菌药物管理评价研究基地”。医院发明的亚砷酸注射液被评为国家二类新药，在中国科学院2000年《科学发展报告》中被称为20世纪中国十大科技发明之一，荣获2020未来科学大奖“生命科学奖”、“吴阶平-保罗?杨森”医学药学奖。医院研制的双黄连制剂获省政府优秀成果奖。
医院积极参加社会公益活动，成为多项慈善基金定点医院，连续多年承担援藏、援疆任务，每年定期组织专家医疗队赴贫困、边远地区义诊。多次组建医疗队应对突发性公共事件，2008年被评为省卫生系统抗震救灾标兵单位。2012年，经过113天的精心治疗，使舍己救人的“最美女教师”张丽莉转危为安，痊愈出院，受到党中央和黑龙江省委的高度评价。
新冠肺炎疫情发生以来，医院响应党的号召，传承哈尔滨医科大学“红色基因”，发扬伍连德博士抗疫精神，从逆行武汉到保卫龙江，从守卫国门到远赴俄罗斯，驰援西藏、新疆、内蒙古、吉林、海南、天津，坚决打赢疫情防控阻击战和歼灭战，筑起了守卫人民生命健康的钢铁长城，取得的成绩得到了党中央国务院、省委省政府的高度认可和充分肯定，获得多项集体荣誉和个人荣誉。
医院大力开展国际间学术交流，与30多个国家和地区进行友好合作，2012年成为英国爱丁堡皇家外科学院和香港外科医学院普通外科专科医师培训中心。每年举办国际、国内大型学术会议数十次。