次要指标（secondary outcome, secondary endpoint）是指与试验目的相关的辅助性指标。一个临床试验中通常有多个次要指标。在试验方案中，也需明确次要指标的定义，并对这些指标在解释试验结果时的作用以及相对重要性加以说明。次要指标数目也应当是有限的，并且能回答与试验目的相关的问题。
在验证性临床试验中，特别是III期临床试验，只有当主要终点指标有统计学意义时，次要终点指标的统计分析结果才有参考价值。在探索性临床试验中，主要终点指标和次要终点指标的结果均可为进一步的临床试验设计提供线索。